小池研究室は、人件費（いわゆるポスト）を含めて大学運営費からの資金提供は（小池の人件費を除いて）ほとんど受けておらず、日本医療研究開発機構（AMED）、文部科学省、日本学術振興会（JSPS）等から頂く研究費、いわゆる競争的資金、によって運営されています。そのほか、民間財団、その他の寄付金によっても補助を受けています。
- 日本医療研究開発機構（AMED）
- 脳神経科学統合プログラム（統合脳，プロジェクトHP）
- 日本学術振興会（JSPS）／文部科学省
- 基盤研究B（FY2024-2026）
- 学術変革領域（生涯学）
- 学術変革領域（当事者化行動科学）
- 科学技術振興機構（JST）
- 創発的研究支援事業（FOREST）加藤パネル（プロジェクトHP）
- MOONSHOT目標２合原PJ（プロジェクトHP）
- これまでにいただいた政府系研究費
- これまでいただいた民間財団その他寄付金
- 東京大学卓越研究員