小池研究室は、人件費（いわゆるポスト）を含めて大学運営費からの資金提供は（小池の人件費を除いて）ほとんど受けておらず、日本医療研究開発機構（AMED）、文部科学省、日本学術振興会（JST）等から頂く研究費、いわゆる競争的資金、によって運営されています。そのほか、民間財団、その他の寄付金によっても補助を受けています。
- AMED革新脳（プロジェクトHP）
- AMED国際脳（プロジェクトHP）
- AMED脳プロ・融合脳（プロジェクトHP）
- 文部科学省
- 日本学術振興会（JST）
- JST MOONSHOT
- 東京大学CiSHuB
- 東京大学IRCN
- 東京大学卓越研究員
- これまでいただいた民間財団その他寄付金